Размонтировать базу обязательно.
Командная строка:
eseutil /d "d:\mail\maildb.edb" /p /t "d:\tempbase.edb"
Места должно быть с запасом 200%!
/t - обязательно, если TEMP на системном диске и места на нем не много! Временная база создается в TEMP.
/p - база остается на месте, все сносится во временную, потом ее копируем в исходное размещение.